水利部是国务院水行政主管部门，对全国水利工程建设实行宏观管理。水利部建设司是水利部主管水利建设的综合管理部门，在水利工程建设项目管理方面，其主要管理职责是：
1.贯彻执行国家的方针政策，研究制订水利工程建设的政策法规，并组织实施；
2.对全国水利工程建设项目进行行业管理；
3.组织和协调部属重点水利工程的建设；
4.积极推行水利建设管理体制的改革，培育和完善水利建设市场；
5.指导或参与省属重点大中型工程、中央参与投资的地方大中型工程建设的项目管理。
流域机构是水利部的派出的机构，对其所在流域行使水行政主管部门的职责。负责本流域水利工程建设的行业管理：
1.以水利部投资为主的水利工程建设项目，除少数特别重大项目由水利部直接
管理外，其余项目均由所在流域机构负责组织建设和管理。逐步实现按流域综合规划、组织建设、生产经营、滚动开发；
2.流域机构按照国家投资政策，通过多渠道筹集资金，逐步建立流域水利建设投资主体，从而实现国家对流域水利建设项目的管理。
水利工程项目法人对建设项目的立项、筹资、建设、生产经营、还本付息以及资产保值增值的全过程负责，并承担投资风险。代表项目法人对建设项目进行管理的建设单位是项目建设的直接组织者和实施者。负责按项目的建设规模、投资总额、建设工期、工程质量，实行项目建设的全过程管理，对国家或投资各方负责。 